舒肝解郁胶囊在临床应用中相对较为安全，但也可能存在一些副作用。一般来说，其副作用发生率较低，不过仍需关注。
消化系统方面的可能反应
胃肠道不适：部分人服用舒肝解郁胶囊后可能出现胃肠道不适症状，比如少数人会有口干的情况，还有些人可能出现轻度的恶心、呕吐，一般症状较轻，不影响继续用药，但如果症状较明显，应及时告知医生。食欲变化：个别患者可能会出现食欲减退的现象，不过这种情况发生的概率相对较低，且大多是轻度的，一般在停药后可自行恢复。
神经系统方面的影响
头晕嗜睡：有少数人服用舒肝解郁胶囊后会感觉头晕，还有些人会出现嗜睡的情况。如果出现头晕症状，在服药期间要注意避免驾驶车辆、操作机械等需要高度集中注意力的活动；而嗜睡的人要注意保证充足的休息，但一般这种头晕嗜睡的症状比较轻微，多数人可以耐受。
其他可能的副作用
过敏反应：虽然较为罕见，但也有个别患者可能对舒肝解郁胶囊中的某些成分过敏，表现为皮肤瘙痒、皮疹等过敏症状。一旦出现过敏症状，应立即停药，并及时就医进行抗过敏治疗。肝肾功能影响：目前临床研究显示，正常剂量下舒肝解郁胶囊对肝肾功能的影响较小，但对于本身肝肾功能不全的患者，在服用时需要谨慎，因为虽然一般影响不大，但仍有个别案例提示可能需要密切监测肝肾功能指标，不过这种情况发生的概率极低。