女生小便时疼痛的原因可能有以下几点：
1.感染：
尿道炎：由细菌、支原体等感染引起，常伴有尿频、尿急、尿痛等症状。
膀胱炎：膀胱受到感染，也会出现尿痛。
肾盂肾炎：肾脏和肾盂的感染，可能会导致发热、寒战、腰痛和尿痛。
2.结石：
尿道结石：可能会导致排尿困难和尿痛。
膀胱结石：除尿痛外，还可能伴有血尿。
3.其他原因：
尿道口炎：尿道口红肿、疼痛，可能是由于局部刺激或感染引起。
外阴炎：会导致尿道口周围疼痛。
妇科疾病：某些妇科疾病，如阴道炎、宫颈炎等，可能引起尿痛。
药物副作用：某些药物可能会导致尿痛。
尿道口狭窄：尿道口狭窄会使排尿不畅，引起尿痛。
泌尿系统损伤：如外伤、手术等，可能导致尿道或膀胱损伤，引起尿痛。
如果女生出现小便时疼痛的情况，建议及时就医，进行相关检查，如尿液检查、B超等，以明确病因，并采取相应的治疗措施。同时，要注意个人卫生，多喝水，避免憋尿，少吃辛辣刺激性食物。