高危妊娠对母婴健康有较大危害。据统计，高危妊娠发生围生儿死亡的风险比正常妊娠高数倍甚至数十倍。
对孕妇的危害
妊娠高血压综合征风险增加： 高危妊娠孕妇发生妊娠高血压综合征的几率明显高于正常孕妇。这类孕妇可能出现血压升高、蛋白尿、水肿等症状，严重时可导致抽搐、昏迷，甚至危及生命。而且产后血压恢复正常的时间可能延长，还可能遗留慢性高血压等问题。难产风险提升： 一些高危妊娠情况，如胎位异常（臀位、横位等）、骨盆狭窄等，会使孕妇在分娩过程中出现难产的几率大大增加。难产可能导致产程延长，孕妇体力消耗过大，还可能引发子宫破裂、产后出血等严重并发症。
对胎儿的危害
生长发育受限： 高危妊娠时，胎儿可能因为胎盘功能异常、孕妇合并疾病等原因出现生长发育受限。表现为胎儿体重低于同孕周正常胎儿，胎儿的身长、头围等指标也可能低于正常水平。长期的生长发育受限可能影响胎儿出生后的健康，比如出生后免疫力低下、智力发育可能受到一定影响等。早产风险增高： 很多高危因素会导致胎儿过早娩出。早产儿各器官发育不成熟，出生后可能面临多种健康问题，如呼吸窘迫综合征（早产儿肺部发育不完善，难以自主呼吸）、新生儿颅内出血、新生儿感染等风险明显高于足月儿。而且早产儿的远期预后也可能存在问题，如可能出现智力障碍、运动障碍等。先天畸形几率增加： 某些高危妊娠情况，像孕妇在妊娠早期接触有害化学物质、服用某些致畸药物、感染某些病毒（如风疹病毒、巨细胞病毒等）等，会使胎儿发生先天畸形的几率升高。常见的先天畸形包括神经管畸形（如脊柱裂）、唇腭裂、先天性心脏病等。