屁股沟疼可能由多种原因引起，比如常见的肛周皮肤问题，像股癣就可能导致屁股沟部位瘙痒、疼痛，一般多发生在温暖潮湿的环境下。另外，肛裂也会引发屁股沟疼，尤其是在排便时，疼痛会比较明显，有的患者疼痛时间可能持续数分钟到数小时不等。还有可能是肛瘘，肛瘘患者屁股沟附近会有反复肿痛、流脓等情况。
肛周皮肤疾病导致的屁股沟疼
股癣：由真菌感染引起，好发于腹股沟、会阴、肛周等部位。一般夏季或肥胖多汗人群更容易出现。除了屁股沟疼，还会有皮肤红斑、脱屑等表现，边界通常比较清楚。湿疹：多种内外因素可导致肛周湿疹，引起屁股沟部位瘙痒、疼痛，皮肤可能出现红斑、丘疹、水疱等改变，搔抓后可能会有渗出、结痂等情况。
肛门直肠疾病导致的屁股沟疼
肛裂：主要是肛管皮肤全层裂开形成的小溃疡，排便时粪便刺激溃疡面，会出现剧烈疼痛，疼痛时间有的可持续数分钟至数小时。同时可能伴有便血，便血一般量不多，鲜红色。肛瘘：是肛管或直肠与肛周皮肤相通的肉芽肿性管道，一般由内口、瘘管、外口组成。外口经常有脓性、血性分泌物，屁股沟附近会反复肿痛，有时会自行破溃流脓，之后肿痛可暂时缓解，但容易反复发作。
其他可能因素导致的屁股沟疼
久坐：长时间久坐会使屁股沟部位局部血液循环不畅，压迫肛周组织，也可能引起屁股沟不适、疼痛。一般久坐超过1小时就可能有一定影响。外伤：屁股沟部位受到外力撞击等外伤，也会导致疼痛，可能伴有局部红肿等表现。比如不小心摔倒碰到屁股沟部位，就可能出现疼痛情况。