治疗直肠炎并没有绝对的“特效药”，需根据病情类型等选择合适药物。一般来说，常用的药物有氨基水杨酸制剂、糖皮质激素、免疫抑制剂等。比如柳氮磺吡啶属于氨基水杨酸制剂，是轻、中度直肠炎的常用药物之一。
氨基水杨酸制剂类药物
美沙拉嗪： 有口服制剂也有栓剂，对于直肠炎可使用美沙拉嗪栓剂，能直接作用于直肠炎症部位，减轻炎症反应。一般每天使用相应剂量的栓剂。柳氮磺吡啶： 口服后到达结肠，在肠道分解出5-氨基水杨酸发挥抗炎作用，对轻、中度直肠炎有一定疗效，但部分人可能会出现恶心、呕吐等不良反应。
糖皮质激素药物
氢化可的松栓剂： 对于直肠炎症状较明显，氨基水杨酸制剂效果不佳时，可考虑使用氢化可的松栓剂，直接局部抗炎。但长期使用可能会有一些副作用，如局部刺激等。泼尼松： 口服的糖皮质激素，对于重度直肠炎可能会用到，但需要严格掌握适应证和剂量，因为长期大剂量使用可能会引起感染、骨质疏松等不良反应。
免疫抑制剂药物
硫唑嘌呤： 对于一些慢性、反复发作的直肠炎，在其他药物效果不佳时可能会用到硫唑嘌呤，但起效相对较慢，一般需要服用数月才能看到效果，而且可能会有骨髓抑制等不良反应，用药期间需要定期监测血常规等指标。巯嘌呤： 作用机制与硫唑嘌呤类似，也可用于部分直肠炎的治疗，同样要注意其可能出现的不良反应。
其他药物
益生菌： 如双歧杆菌等益生菌制剂，可调节肠道菌群，对直肠炎的恢复有一定帮助。因为肠道菌群失调可能与直肠炎的发生发展有关，补充益生菌有助于改善肠道微生态环境。甲硝唑： 如果直肠炎是由厌氧菌感染引起的，可使用甲硝唑，它能抑制厌氧菌的生长，但也有一些不良反应，如胃肠道不适等。