大脚趾指甲盖下有黑点可能由以下原因导致，需根据不同情况采取相应去除方法：
一、受到外伤：大脚趾指甲盖处若遭受外界重物挤压或不小心踢到硬物，会损伤指甲盖而引起甲下淤血，当淤血不能及时排出，便会形成黑点。对此，应在受伤24小时内进行冷敷，同时要适当卧床休息，避免血液循环加快以防止症状加重。
二、甲真菌病：当卫生习惯不佳或与甲真菌病患者密切接触时，易导致真菌传播而引发甲真菌病。该病症会对甲板和甲床造成破坏，使甲板出现变形、变色等表现。若不及时治疗，还会使脚趾盖下出现黑色点状病变。治疗上应遵医嘱使用盐酸阿莫罗芬搽剂、伊曲康唑分散片等药物，并且要养成良好卫生习惯，以防疾病传播。
三、甲母痣：若外伤未及时治疗或经常出现甲下出血等情况，会致使脚趾部位的黑色素细胞活性增强，从而引起甲母痣。在患病初期，会导致指甲出现黑点，随着病情加重可出现甲黑线。应尽早采取手术切除的方式进行治疗，以预防癌变。
此外，还有其他可能的疾病，比如黑色素瘤。日常生活中要养成良好的卫生习惯，还应定期复查以明确具体恢复情况。