肛门瘙痒可使用的药物需根据病因来选择。一般来说，若因湿疹引起肛门瘙痒，可外用糖皮质激素类药膏，如氢化可的松乳膏等，这类药物能在一定程度上缓解瘙痒症状，但连续使用最好不超过2~3周。
因湿疹导致的肛门瘙痒用药
糖皮质激素药膏：氢化可的松乳膏属于中效糖皮质激素，能减轻炎症反应，缓解瘙痒。不过，儿童、孕妇及哺乳期女性使用时需谨慎，应在医生指导下使用。钙调磷酸酶抑制剂：像他克莫司软膏，适用于成人肛门湿疹引起的瘙痒，它通过抑制免疫反应来发挥作用，相对来说副作用可能相对小一些，但起效可能稍慢。
因寄生虫感染导致的肛门瘙痒用药
抗寄生虫药物：如果是蛲虫感染引起的肛门瘙痒，可使用阿苯达唑片，它能抑制虫体对葡萄糖的吸收，使虫体无法存活和繁殖。不过2岁以下儿童禁用阿苯达唑，孕妇也不宜使用，需遵医嘱选择其他合适药物。局部外用驱虫药：有的会使用含百部成分的外用药膏，能对蛲虫起到一定的抑制作用，但效果相对口服药可能弱一些。
因细菌感染导致的肛门瘙痒用药
抗生素药膏：若为细菌感染引发肛门瘙痒，可外用莫匹罗星软膏，它对革兰阳性球菌有很好的抗菌作用，能帮助消除细菌感染，从而缓解瘙痒。但对莫匹罗星过敏者禁用，使用时要注意避免接触眼睛、口鼻等黏膜部位。中药坐浴药物：比如用黄柏、苦参等中药煎水坐浴，也能起到一定的清热燥湿、止痒的作用，不过需注意坐浴的温度等要适宜。
因真菌感染导致的肛门瘙痒用药
抗真菌药膏：像酮康唑乳膏，能抑制真菌的生长繁殖。但孕妇及哺乳期女性使用需咨询医生，而且不要长期大面积使用，以免引起不良反应。中药外洗方：用蛇床子、地肤子等中药外洗，也有助于改善真菌感染引起的肛门瘙痒情况，不过要注意中药外洗的浓度等要恰当。