克罗恩病一旦导致肛门狭窄，治疗会极为困难，具体如下：
一、若为单纯的直肠狭窄，且直肠黏膜无明显炎症时，医生可采取切除前移黏膜瓣的方式，或者在内镜下对狭窄进行切开，如此便能解决直肠的狭窄问题，直肠部分的狭窄情况可得到缓解，病人的排便状况也能得以改善。
1.切除前移黏膜瓣：这是一种较为直接的解决直肠狭窄的方法，通过手术操作来改变黏膜的位置和形态。
2.内镜下切开狭窄：利用内镜技术精准地对狭窄部位进行切开处理。
二、如果是肛管狭窄，当狭窄合并括约肌僵硬并造成大便失禁时，则处理起来很棘手。对于克罗恩病、克罗恩病合并肛周病变，早期治疗相当关键，应尽可能在早期控制炎症。要是无法控制病情而出现肛门狭窄，能保守治疗就尽量不选择手术，可通过局部的扩肛以及药物抗炎等方式，在一定程度上进行改善。只有在药物控制不佳时，才考虑进行外科手术治疗。
总结概况提示：文章主要阐述了克罗恩病造成肛门狭窄后的治疗难点及应对方法，强调早期治疗的重要性，以及在出现肛门狭窄时先考虑保守治疗，药物控制不好再行外科手术治疗，同时详细说明了针对直肠狭窄和肛管狭窄的不同处理方式。