耳廓囊肿的形成原因目前尚不十分明确，一般认为可能与机械性刺激有关，比如睡眠时长期压迫耳廓、无意揉搓等。
创伤因素相关
局部机械刺激： 有些人可能在日常生活中不经意间对耳廓造成了反复的微小创伤。例如，睡觉时长时间侧卧，总是压迫同一侧耳廓，或者经常用手不自觉地揉搓耳廓等，这些机械性刺激可能会导致耳廓局部的淋巴管循环出现障碍。当淋巴液回流不畅时，就容易在耳廓的软骨层之间积聚，逐渐形成囊肿。一般这种因长期局部刺激导致的情况，可能在几个月甚至更长时间内慢慢显现出耳廓囊肿的症状。
先天性因素推测
胚胎发育异常： 从胚胎发育的角度来看，有观点推测耳廓囊肿可能与先天性因素有关。在胚胎时期，耳廓的发育过程中如果出现一些微小的异常，有可能影响到耳廓内部的组织结构和液体循环系统。不过目前这方面的具体机制还不是非常清晰，但有研究发现部分耳廓囊肿患者可能存在一定的先天性发育相关的基础。
其他可能因素
炎症反应影响： 另外，局部的轻微炎症反应也可能是一个相关因素。比如耳廓局部曾经有过极轻微的感染或者炎症刺激，虽然没有造成明显的炎症症状，但可能会引起局部组织的一些变化，导致淋巴液的引流出现问题。不过这种炎症反应通常是非常轻微且不容易被察觉的，它通过影响耳廓内部的生理环境，间接导致了囊肿的形成。而且这种炎症反应往往是很隐匿的，很难明确具体的触发炎症的原因。