眼肌麻痹的治疗方法需根据病因来定。若是因糖尿病引起的眼肌麻痹，一般控制血糖后，部分患者在数周~数月内可逐渐恢复。
药物治疗方面
神经营养药物：常用的有维生素B1、维生素B12等，它们能参与神经细胞的代谢，促进神经的修复。比如维生素B1可以维持神经组织、肌肉组织及心脏活动的正常，对神经损伤有一定的辅助修复作用。糖皮质激素：如果是炎症性因素导致的眼肌麻痹，可能会使用糖皮质激素。像特发性眼眶炎症引起的眼肌麻痹，糖皮质激素可以减轻炎症反应，抑制免疫反应，从而缓解眼肌麻痹的症状，但使用时需严格遵循医嘱，因为长期使用可能会有一些副作用，如引起血糖升高、骨质疏松等。
手术治疗情况
斜视矫正手术：当眼肌麻痹导致斜视时，可考虑进行斜视矫正手术。例如，外展神经麻痹导致内斜视，通过手术调整眼外肌的附着点等，来改善眼位，恢复正常的眼球运动和外观。手术时机的选择很重要，一般在病情稳定后，如眼肌麻痹经过保守治疗3~6个月无明显恢复迹象时可考虑手术。眼眶减压手术：如果是眼眶病变压迫神经引起的眼肌麻痹，如甲状腺相关眼病导致眼眶压力增高压迫眼外肌，可能需要进行眼眶减压手术。通过扩大眼眶容积，减轻对眼外肌和视神经的压迫，从而改善眼肌麻痹等症状。但手术有一定的风险，如出血、感染等，需要术前充分评估。
康复治疗手段
视觉训练：对于眼肌麻痹导致眼球运动障碍、双眼视功能异常的患者，可以进行视觉训练。比如通过特定的眼球运动训练，帮助患者恢复眼球的运动协调性。训练需要在专业医生或视光师的指导下进行，一般需要定期进行，每次训练时间根据患者情况而定，可能从10~30分钟不等，坚持训练有助于改善眼肌麻痹带来的视觉功能问题。物理治疗：包括针灸、按摩等方法。针灸可以通过刺激眼部周围的穴位，促进眼部的气血流通，对眼肌麻痹有一定的辅助治疗作用。按摩则可以缓解眼部肌肉的紧张，改善眼部的血液循环，但按摩的力度和部位需要准确，避免加重病情。不过物理治疗的效果个体差异较大，需要长期坚持。