女性排尿时小肚子疼，通常考虑由尿道炎、膀胱炎、肾盂肾炎、膀胱结石、输尿管结石等泌尿系疾病所引起。若疼痛较为严重，需立刻前往医院进行检查，由专业医生给予帮助和治疗。
一、尿道炎：主要和尿道损伤、感染相关，女性会有尿频、尿急、尿痛等表现，还会在排尿时出现小肚子疼。不同类型的尿道炎，所运用的药物也各异。淋菌性尿道炎女性若不能明确是否存在其他致病菌，可采用两种抗菌药物联合治疗，一般使用头孢类抗生素，如头孢曲松与阿奇霉素联合抗菌。非淋菌性尿道炎患者，可采用多西环素或左氧氟沙星等进行抗菌治疗，能改善小腹胀痛、腰疼等症状。同时应多喝水以增加尿量，对尿道起到冲洗作用。注意个人卫生，勤换洗内裤，保持外阴清洁等。
二、膀胱炎：主要因大肠杆菌感染导致，多发于女性，会出现小腹胀痛、腰疼以及排尿时小肚子疼。可用左氧氟沙星或者头孢他啶等抗生素进行抗菌治疗。膀胱炎女性要注重个人卫生，勤换洗内裤，也要注意会阴部清洁，适当进行热水坐浴，以改善会阴部血液循环。
三、肾盂肾炎：是由于尿道炎上行进入膀胱，接着沿着输尿管向上蔓延至肾脏而引起。女性会出现尿频、尿急、尿痛等症状，在排尿时表现为小肚子疼。临床上将其分为急性肾盂肾炎和慢性肾盂肾炎，两者均可遵医嘱口服磺胺类抗生素，如复方磺胺甲噁唑等，或者喹诺酮类抗生素，如环丙沙星等进行抗菌治疗，以改善小腹胀痛、腰疼等症状。
四、膀胱结石：与饮食以及泌尿系统其他疾病的影响有关，会有腹部疼痛、血尿等情况。在排尿时结石移动，疼痛可能会加剧，所以女性会出现排尿时小肚子疼。可采取耻骨上膀胱切开取出结石，或者体外冲击波碎石等方法。
五、输尿管结石：主要由肾结石下落形成，部分也可能是输尿管原发性结石，会出现腹部疼痛、血尿等现象，可表现为排尿时小肚子疼。此时需使用非甾体消炎药，如双氯芬酸钠以及吲哚美辛等缓解疼痛，必要时采用体外冲击波碎石等方式治疗。日常可多喝水，也能起到一定的冲刷输尿管的作用，帮助结石排出。
总之，当女性出现排尿时小肚子疼的情况，要考虑到可能是上述这些泌尿系疾病，应及时就医进行明确诊断和治疗。