肠套叠的三大典型症状主要表现为腹痛、血便和腹部包块。一般来说，婴幼儿肠套叠时，孩子会突然出现剧烈的阵发性哭闹，持续约10 - 20分钟，然后有短暂安静，之后又反复发作。
腹痛表现
婴儿肠套叠腹痛：婴儿无法用语言表达，通常会突然哭闹不安，面色苍白，双手紧握，双腿蜷曲，持续几分钟后又安静下来，间隔10 - 20分钟又重复发作。这是因为肠管套叠后，肠管蠕动发生障碍，引起剧烈疼痛。儿童肠套叠腹痛：较大的儿童会主诉腹痛，疼痛部位多位于右上腹或脐周，疼痛性质为阵发性绞痛，孩子会表现出哭闹、拒按腹部等情况。
血便特征
早期血便情况：发病初期可有1 - 2次正常大便，以后便排出含有黏液和血液的粪便，像果酱样便，这是由于肠套叠时，套入部肠壁血液循环受阻，导致肠黏膜出血，与肠黏液混合而成。一般在发病后6 - 12小时就可能出现这种果酱样血便。晚期血便情况：如果病情进一步发展，血便会更加明显，甚至可能从肛门流出暗红色血水或鲜血。
腹部包块情况
腹部可触及包块：在腹部可以摸到形状像腊肠样的肿块，表面光滑，稍可活动，有一定的压痛。对于婴幼儿肠套叠，家长可以在孩子的右上腹或腹部右侧摸到这种包块；儿童肠套叠时，腹部包块的位置可能因肠套叠的部位不同而有所差异，但大多也能在腹部触及到类似腊肠状的包块。不过，不是所有肠套叠患者都能清楚摸到包块，这与肠套叠的位置、病程等因素有关。