新生儿黄疸高可能会带来多方面危害。一般来说，当新生儿血清胆红素超过一定数值时，就可能出现较明显的危害。
对神经系统的影响
胆红素脑病风险： 新生儿黄疸过高时，未结合胆红素可能透过血 - 脑屏障，损伤中枢神经系统。例如，当血清胆红素水平超过342μmol/L时，就大大增加了胆红素脑病的发生几率。胆红素会沉积在基底神经节、丘脑、丘脑下核等部位，影响神经细胞的正常功能，导致患儿出现嗜睡、拒奶、肌张力减退等症状，严重的还可能出现抽搐、角弓反张甚至死亡，即便存活也可能遗留智力低下、运动障碍、听力障碍等后遗症。
对肝脏功能的影响
加重肝脏负担： 新生儿肝脏代谢胆红素的能力有限，黄疸高会使肝脏持续处于处理过多胆红素的状态，长期如此会影响肝脏正常的代谢和解毒功能。肝脏需要不断努力去摄取、结合和排泄胆红素，这会超出肝脏的代偿能力，可能导致肝脏细胞受损，影响其正常的生理功能发挥，进而可能引发肝脏相关的一系列问题，影响新生儿整体的健康状况和生长发育。
对造血系统的影响
干扰造血过程： 严重的高胆红素血症可能会干扰新生儿的造血系统。胆红素过高会影响红细胞的正常代谢和生存，可能导致红细胞破坏增加，同时也会影响骨髓的造血功能，使得红细胞生成受到一定抑制，进而可能引起患儿贫血等造血系统方面的问题，影响新生儿的氧气运输和整体营养供应等，不利于其健康成长。
对其他器官的影响
影响消化系统： 黄疸高还可能影响新生儿的消化系统功能，导致患儿出现食欲减退、呕吐、腹胀等症状，进而影响营养物质的摄入和吸收，不利于新生儿的生长发育。而且过高的胆红素可能对胃肠道黏膜产生一定刺激，影响胃肠道的正常蠕动和消化酶的分泌，进一步加重消化功能的紊乱。同时，对心血管系统也可能有一定影响，可能导致心率、血压等发生变化，影响全身的血液循环和各器官的血液供应情况。