手足口疫苗主要是针对肠道病毒71型（EV71）感染引起的手足口病有预防功效。研究显示，手足口疫苗对EV71相关手足口病的保护效力可达90%以上。
预防的主要病毒类型
针对EV71病毒：手足口病由多种肠道病毒引起，其中肠道病毒71型（EV71）是导致重症和死亡的主要病原体。手足口疫苗就是针对EV71病毒研发的，能有效预防由EV71感染引发的手足口病。
保护的人群范围
适用年龄人群：手足口疫苗推荐6月龄 - 5岁儿童接种。6月龄是可以开始接种的最早年龄，5岁后由于大部分儿童可能已经经历过EV71相关感染或自身免疫系统有了不同程度的建立，接种疫苗的保护意义相对降低。特殊人群提示：对于有免疫缺陷等特殊健康状况的儿童，需要在医生评估后决定是否接种。如果儿童处于发热、急性疾病期等，建议暂缓接种，等康复后再考虑接种事宜。
保护的疾病严重程度
降低重症风险：接种手足口疫苗后，能显著降低儿童发生EV71相关手足口病重症的风险。临床研究表明，接种疫苗的儿童患重症手足口病的概率比未接种的儿童低很多。比如在一些大规模的疫苗接种效果观察中发现，接种疫苗的儿童因EV71感染导致住院治疗重症的情况大幅减少。减少疾病症状表现：即使接种疫苗后儿童感染了EV71，相对未接种疫苗的儿童，症状也会较轻。可能表现为发热程度相对较低，出疹数量较少，病程相对较短等情况，能减轻儿童患病期间的痛苦以及家长的照料负担。
接种后的免疫持续时间
初步免疫时长：目前研究显示，手足口疫苗接种后产生的抗体可以持续较长时间。一般来说，接种后至少在5年内对EV71相关疾病仍有较好的保护作用。不过随着时间推移，抗体水平可能会有一定程度的下降，但即使抗体水平下降，由于机体已经有过免疫记忆，一旦感染EV71，机体的免疫反应也会相对更迅速有效地应对病毒，从而减轻疾病的严重程度。