上完小便生殖器官有疼痛感，这通常是由以下几方面原因导致的。
一、生理原因：要是饮水量非常少或者长时间都不进行活动，那么就可能会有小便后疼痛的现象出现。这是因为饮水少会使尿液浓缩，而长期不活动可能影响泌尿系统的正常代谢和功能，从而引起不适。
二、泌尿系统感染：多数情况下是出现了炎症，这种炎症会刺激泌尿道黏膜上皮，使其出现急性充血、水肿等状况，进而导致便后疼痛。比如尿道炎、膀胱炎等感染性疾病，病菌的侵袭会引发一系列症状。
三、泌尿系统结石：像膀胱结石和尿道结石等，当结石刺激膀胱或者尿道黏膜时，就会有尿后疼痛的表现。结石的存在会对相关部位的黏膜造成持续刺激和损伤。
如果长时间存在小便后疼痛的情况，一定要及时去就诊。要由医生明确具体的病因后，再给予具有针对性的治疗方案。总之，对于这种情况要重视，以便能尽早解决问题，恢复健康。