男生早上起床阴茎会硬，原因主要有两点：一是早晨副交感神经起主要作用，交感神经受到抑制；二是早晨膀胱憋尿时会刺激相关神经束。
一、阴茎勃起受交感神经和副交感神经调配。当交感神经兴奋时，会导致阴茎供血动脉收缩，使得阴茎海绵体不能充血胀大，进而出现阴茎萎软现象。而男生早上起床时以副交感神经为主，此时阴茎供血动脉扩张，海绵体供血增加，这就会致使阴茎海绵体扩张充血，压迫白膜以及海绵体静脉回流，最终导致阴茎持续勃起胀大。
二、男生早晨膀胱憋尿时，膀胱胀满会刺激膀胱和前列腺之间的勃起神经束，从而引起阴茎海绵体勃起胀大。
总之，男生早上起床阴茎变硬通常是由上述两种情况所导致的。