婴儿湿疹的发生是多种因素共同作用的结果。一般认为，约60%的婴儿湿疹与遗传因素有关，如果父母一方有过敏性疾病史，婴儿患湿疹的风险会增加。
遗传因素影响
家族过敏史关联： 如果父母双方都有过敏性疾病，比如父母一方有哮喘、过敏性鼻炎等，婴儿发生湿疹的概率能达到40%以上；若只有一方有过敏史，婴儿患湿疹概率也有20%左右。基因易感性体现： 婴儿自身基因中某些与皮肤屏障功能、免疫调节相关的基因发生突变或表达异常时，皮肤的保护功能减弱，就容易引发湿疹。
皮肤屏障功能不完善
皮肤结构特点： 婴儿的皮肤角质层较薄，锁水能力差，比成人更容易失水。而且皮肤表面的油脂层也相对薄弱，对外部刺激的抵御能力弱。比如在干燥的环境中，婴儿皮肤水分流失更快，就容易出现湿疹。皮肤pH值影响： 婴儿皮肤的pH值与成人不同，更偏向碱性，这种酸碱度环境不利于皮肤维持健康状态，容易引发炎症反应，导致湿疹。
免疫因素异常
Th1/Th2细胞失衡： 婴儿免疫系统发育不完善，容易出现Th1/Th2细胞失衡，偏向Th2型免疫反应，使得机体更容易产生过敏反应，进而诱发湿疹。嗜酸性粒细胞参与： 当婴儿发生湿疹时，体内嗜酸性粒细胞会增多，它们释放的一些物质会引起皮肤炎症，加重湿疹症状。比如嗜酸性粒细胞释放的炎症介质会刺激皮肤神经末梢，导致瘙痒等不适，进一步促使婴儿搔抓皮肤，加重湿疹皮损。