阿莫西林胶囊主要用于治疗多种细菌感染性疾病。一般来说，它对肺炎链球菌、溶血性链球菌等引起的感染有较好疗效。
上呼吸道感染
中耳炎：由肺炎链球菌、流感嗜血杆菌等引起的中耳炎，阿莫西林胶囊可发挥作用。比如儿童患中耳炎时，若由敏感菌导致，可能会选用阿莫西林胶囊来抗感染。鼻窦炎：当鼻窦炎是因细菌感染引发，像肺炎链球菌等引起的鼻窦炎，阿莫西林胶囊能抑制细菌细胞壁合成，从而起到杀菌消炎的作用。
下呼吸道感染
肺炎：对于肺炎链球菌、流感嗜血杆菌等引起的肺炎，阿莫西林胶囊可参与治疗。例如社区获得性肺炎中，若致病菌对阿莫西林敏感，就可能使用该药物。慢性支气管炎急性发作：当慢性支气管炎急性发作是由细菌感染导致时，阿莫西林胶囊能针对相关细菌进行抗菌，帮助缓解症状。
泌尿生殖道感染
尿道炎：由大肠埃希菌、奇异变形杆菌等引起的尿道炎，阿莫西林胶囊可以发挥抗菌功效。比如女性单纯性尿道炎，若为细菌感染且对阿莫西林敏感，可能会用此药。膀胱炎：对于大肠埃希菌、粪肠球菌等引起的膀胱炎，阿莫西林胶囊能抑制细菌生长繁殖，达到治疗感染的目的。
皮肤软组织感染
疖：由金黄色葡萄球菌等引起的疖肿，阿莫西林胶囊可对相关细菌产生作用。当疖是因敏感细菌感染时，阿莫西林胶囊有助于消除感染。丹毒：对于溶血性链球菌等引起的丹毒，阿莫西林胶囊能抑制细菌，控制感染的发展。