抗生素可能存在滥用导致耐药菌产生的问题，还可能引发过敏反应等不良反应，并且对病毒感染无效却被误用等情况。
一、耐药菌产生
长期或不规范使用抗生素，会使细菌逐渐适应抗生素的作用，从而产生耐药性，使得抗生素对细菌的抑制或杀灭效果下降，例如肺炎链球菌可能对多种抗生素产生耐药。
二、过敏反应
部分人使用抗生素后会出现过敏症状，如皮疹、瘙痒、呼吸困难等，严重时可能引发过敏性休克，这与个体的过敏体质有关，有抗生素过敏史的人群再次使用时风险更高。
三、对病毒无效却被误用
当感染是由病毒引起时，使用抗生素是没有作用的，但临床上常存在因错误判断而滥用抗生素的情况，比如普通感冒多由病毒感染引起，却误用抗生素治疗。
四、影响肠道菌群
抗生素在发挥杀菌作用时，可能会破坏肠道内的正常菌群平衡，导致腹泻、便秘等肠道功能紊乱的情况，尤其对于儿童等肠道菌群尚未完全稳定的人群影响更为明显。