畸胎瘤的治疗主要以手术切除为主。对于良性畸胎瘤，完整切除后通常预后较好。如果是未成熟畸胎瘤等恶性畸胎瘤，除了手术，可能还需要结合其他治疗手段。
手术治疗为主
卵巢畸胎瘤手术： 对于卵巢畸胎瘤，若为单侧，可行患侧卵巢畸胎瘤剔除术；若为双侧，会尽可能保留正常卵巢组织。手术一般通过腹腔镜或开腹进行，腹腔镜手术创伤小，恢复相对较快，通常术后住院3 - 7天左右。睾丸畸胎瘤手术： 睾丸畸胎瘤多采取经腹股沟途径的睾丸切除术，需要将患侧睾丸完整切除，术后要注意伤口护理，防止感染等情况发生。
恶性畸胎瘤的辅助治疗
化疗： 恶性畸胎瘤术后常需要辅助化疗，常用的化疗药物有博来霉素、依托泊苷、顺铂等组成的化疗方案。一般需要进行多个疗程的化疗，具体疗程数根据病情而定，可能需要4 - 6个疗程不等。化疗可能会带来一些副作用，如恶心、呕吐、脱发、骨髓抑制等，但医生会采取相应措施来减轻这些副作用。放疗： 对于一些晚期或复发的恶性畸胎瘤患者，可能会考虑放疗。不过放疗会对身体正常组织有一定影响，需要严格掌握放疗的适应证和剂量等。
不同部位畸胎瘤的特殊情况
颅内畸胎瘤： 颅内畸胎瘤手术难度相对较大，因为肿瘤位于脑部，周围有重要的神经血管等结构。手术需要尽可能全切肿瘤，但要避免损伤周围重要组织。术后可能需要进行康复治疗来促进神经功能的恢复，并且要定期进行脑部复查，观察是否有肿瘤复发等情况。骶尾部畸胎瘤： 骶尾部畸胎瘤根据其部位和分期不同治疗方式有差异。对于比较大的骶尾部畸胎瘤，多需要尽早手术切除，手术要彻底清除肿瘤组织，术后要注意局部伤口的护理以及有无大小便功能障碍等情况的发生。