小儿营养不良的主要病因如下：
1.饮食因素：
长期摄入不足：母乳不足又未能及时添加辅食；骤然断奶，婴儿不能适应新的食品；长期以淀粉类食品（粥、米糊、奶糕）喂养等。
饮食不定时：有的小儿因过饱而导致消化不良；有的小儿因不定时进餐，而影响食欲；也有的小儿因食品单调而影响食欲。
2.疾病因素：
疾病影响：患迁延性腹泻、慢性痢疾、各种酶缺乏所致的吸收不良综合征、肠寄生虫病、结核病、麻疹、反复呼吸道感染、慢性尿路感染等，均可影响营养的吸收。
先天不足：早产、双胎、多胎或因难产及窒息等导致小儿先天不足，易发生营养不良。
3.其他因素：
缺乏锻炼：小儿因缺乏锻炼而使食欲减退，精神不振，体质下降。
精神因素：生活环境、气候、疾病等因素的影响，均可使小儿情绪不佳，影响食欲。
日照不足：户外活动过少，接受紫外线照射不足，影响维生素D的生成及钙的吸收。