脊髓空洞的原因较多，其中先天性因素较为常见，约有40%的脊髓空洞症与先天性发育异常有关，比如小脑扁桃体下疝畸形，这种畸形会导致脑脊液循环不畅，进而引发脊髓空洞。
先天性发育异常相关
小脑扁桃体下疝畸形： 是常见的先天性因素，由于小脑扁桃体向下延伸，压迫脊髓，影响脑脊液正常流动，使得脊髓内形成空洞。一般在儿童或青少年时期可能就会逐渐出现相关症状。脊髓神经管闭合不全： 在胚胎发育时期，脊髓神经管闭合出现问题，也会增加脊髓空洞发生的风险，这种情况从胚胎阶段就埋下了隐患。
后天性因素影响
外伤因素： 脊柱受到外伤，比如严重的脊柱骨折、脱位等，可能会损伤脊髓，从而引发脊髓空洞。有研究发现，约有10% - 15%的脊髓空洞症患者是由外伤引起的。肿瘤因素： 脊髓内或脊髓周围的肿瘤，如脊髓胶质瘤、室管膜瘤等，会影响脊髓的正常结构和功能，导致脊髓空洞形成。肿瘤会占据空间，改变脊髓周围的压力和血液循环等，进而引发空洞。炎症因素： 脊髓部位的炎症，像脊髓蛛网膜炎等，炎症刺激会导致脊髓组织发生改变，影响脑脊液循环，最终可能引发脊髓空洞。这类炎症如果没有得到及时有效的治疗，就可能逐渐发展为脊髓空洞。
其他少见原因
血液循环异常： 脊髓的血液循环出现障碍，例如脊髓血管畸形等情况，会使脊髓组织缺血、缺氧，影响其正常代谢，长期下来可能导致脊髓空洞形成。不过这种情况相对较为少见，但也是脊髓空洞的一个可能原因。维生素缺乏： 长期严重的维生素缺乏，尤其是维生素B12缺乏，可能会影响神经系统的正常功能，与脊髓空洞的发生有一定关联。但一般这种情况在营养状况较好的人群中较少出现。