自然流产对身体的伤害程度因情况而异，但一般来说会带来多方面影响。据统计，自然流产后可能有10% - 15%的女性会出现一些并发症。
生殖系统损伤方面
子宫恢复问题： 自然流产后，子宫需要时间恢复到孕前状态。如果流产不完全，可能会导致子宫出血时间延长，有的女性可能出血超过2周，这会增加感染的风险。而且子宫肌层可能受到一定影响，后续再次妊娠时发生胎盘植入等问题的风险会有所升高。宫颈损伤隐患： 若流产过程中宫颈受到损伤，可能会导致宫颈内口松弛。在以后妊娠中，尤其是中晚期妊娠时，容易出现胎膜早破、早产等情况。比如有过自然流产史且宫颈损伤的女性，再次怀孕到5 - 6个月时发生流产的概率比正常女性高很多。
身体内分泌紊乱影响
激素水平波动： 自然流产会引起体内激素水平的急剧变化。雌激素、孕激素等水平在短时间内大幅下降，可能导致女性出现内分泌失调的表现，像月经紊乱就是常见现象，有的女性流产后月经周期可能会延长至35天以上，甚至有的会出现闭经情况。同时，甲状腺功能等也可能受到一定影响，部分女性会出现甲状腺功能减退的倾向。
心理精神方面影响
情绪抑郁风险： 自然流产对女性心理的冲击较大，约有20% - 30%的女性会出现不同程度的抑郁情绪。这是因为流产可能会让女性感觉自己失去了宝宝，产生自责、悲伤等负面情绪，长期处于这种情绪中会影响身心健康，有的女性会出现失眠、对生活提不起兴趣等情况。自信心受挫： 经历自然流产后，很多女性会怀疑自己的身体状况，对再次怀孕充满担忧，自信心受到打击，觉得自己无法顺利孕育宝宝，这种心理状态如果不能及时调整，会进一步影响生活质量和后续的受孕计划。
感染风险方面
宫腔感染可能： 自然流产后，如果阴道出血时间较长，或者个人卫生没有做好，就容易引发宫腔感染。一旦发生感染，会出现发热、下腹部疼痛、阴道分泌物有异味等症状。而且感染如果没有及时控制，可能会扩散到盆腔，引起盆腔炎等更严重的疾病，影响生殖系统的长期健康。输卵管感染隐患： 感染还有可能波及输卵管，导致输卵管炎症、粘连等问题，进而影响输卵管的正常功能，使女性以后发生输卵管妊娠（宫外孕）的风险明显增加，据研究，有过自然流产史且发生输卵管感染的女性，宫外孕发生率比正常女性高3 - 5倍。