亚急性甲状腺炎常见症状多样，一般起病前1~3周常有上呼吸道感染病史。患者最典型的症状之一是甲状腺部位疼痛，疼痛可从甲状腺一侧开始，很快向腺体其他部位或耳根及颌部放射，这种疼痛通常会持续1周左右，有时可能长达2周。
疼痛相关表现
局部疼痛： 甲状腺区域疼痛是主要表现，疼痛程度不一，有的患者疼痛较轻微，仅感觉颈部不适，有的则疼痛较为剧烈，影响日常活动，比如不能正常转头、吞咽时疼痛明显加重等。放射痛： 疼痛除了局限在甲状腺局部，还会向其他部位放射，像前面提到的向耳根及颌部放射，部分患者还可能放射至肩部、背部等部位。
全身症状表现
发热： 多数患者会出现发热症状，体温一般在38℃左右，也有部分患者体温可达到38.5℃以上，发热可持续数天至2~3周不等。全身不适： 患者还会伴有全身乏力、肌肉酸痛等不适，感觉身体虚弱，做稍微活动就会觉得很累，精神状态也比较差。
甲状腺功能相关表现
早期甲状腺功能亢进表现： 在疾病早期，由于甲状腺滤泡被破坏，甲状腺激素释放进入血液，患者可能出现甲状腺功能亢进的症状，比如心慌、手抖、多汗等，心慌可表现为心跳加快，安静状态下心率可能超过100次/分钟，多汗则是比平时容易出汗，即使在安静环境下也会有明显出汗现象。后期甲状腺功能减退表现： 随着病情发展，后期部分患者可能出现甲状腺功能减退的表现，如怕冷、嗜睡、食欲减退、体重增加等，怕冷是相较于常人更易感觉寒冷，即使在温暖环境中也有畏寒感，嗜睡则是比平时更爱睡觉，睡眠时间明显增多。