怀孕三个月出血的主要原因包括宫外孕、先兆流产以及宫颈息肉。
一、宫外孕：宫外孕通常指的是异位妊娠，即孕卵在子宫腔外着床发育的异常妊娠过程，其中以输卵管妊娠最为常见。其病因往往是由于输卵管管腔或周围存在炎症，导致管腔通畅性不佳，阻碍了孕卵的正常运行，使其在输卵管内停留、着床并发育，最终可能引发输卵管妊娠破裂。
二、先兆流产：流产症状会有腹痛和阴道出血，如果是宫内孕且出现腹痛和阴道出血，就可诊断为先兆流产，这时需要到医院进行B超检查。在B超下医生会观察宫内胎囊是否有胎芽、胎心，如果有胎芽和胎心且与孕周相符，在出现这种腹痛、阴道出血情况时要给予保胎治疗，可口服黄体酮或地屈孕酮片进行保胎。
三、宫颈息肉：宫颈息肉也会出现少量流血，需要进行相应检查。
总之，怀孕3个月出现阴道流血是不正常的情况，必须要及时到医院做B超检查，以查明具体情况并进行相应治疗。