HPV病毒感染后，很多人初期没有明显症状。部分人可能会出现生殖器部位的异常表现，比如女性感染高危型HPV，持续感染可能引发宫颈病变，但早期也可能无症状；而低危型HPV感染可能会在外阴、阴道、宫颈等部位长出疣体，像尖锐湿疣，初期可能是单个或多个淡红色小丘疹，质地柔软，顶端尖锐，随着病情发展会逐渐增多、增大，形态可呈菜花状、乳头状等。
皮肤感染相关症状
寻常疣： 多发生在手部等部位，表现为黄豆大小的丘疹，表面粗糙，摸起来坚硬，颜色与正常皮肤相近或呈棕灰色。一般没有自觉症状，偶尔会有压痛感。扁平疣： 好发于面部、手背等部位，为米粒至黄豆大小的扁平隆起性丘疹，表面光滑，呈圆形、椭圆形或多角形，正常肤色或淡褐色。一般无明显自觉症状，部分人会自觉轻微瘙痒。
黏膜感染相关症状
生殖道黏膜感染： 女性感染高危型HPV后，若引发宫颈病变，在早期可能没有特殊症状，随着病情进展，可能出现接触性出血，比如性生活后或妇科检查后少量阴道流血，还可能有阴道分泌物增多的情况，分泌物可能呈白色、淡黄色，伴有异味等。而低危型HPV感染引起的尖锐湿疣，除了生殖器部位的疣体表现外，有的女性可能会有外阴瘙痒、灼痛或性交不适等症状。男性感染HPV后，若发生尖锐湿疣，可能在生殖器部位出现丘疹、角化性斑块、乳头样或菜花样赘生物等。
特殊人群感染症状特点
孕妇感染： 孕妇感染HPV后，症状表现可能和非孕妇类似，但需要特别关注对胎儿的影响以及分娩方式的选择等问题。孕妇感染低危型HPV出现尖锐湿疣时，要注意疣体可能会在分娩过程中传染给新生儿。而孕妇感染高危型HPV，虽然自身可能没有明显不适，但持续感染可能增加早产等风险。免疫低下人群： 比如艾滋病患者、长期使用免疫抑制剂的人感染HPV后，症状可能更严重且难以控制。寻常疣、扁平疣等可能会更多、更大，生殖道的尖锐湿疣也可能发展得更快、更严重，而且复发的几率相对较高。