女性怀孕三个月进行药物流产时，在胚胎排出过程中的疼痛感受因人而异。具体如下：
一、可能比较痛苦：
怀孕三个月时胚胎已初步成型，组织相对较大，胎盘也已生长发育。药物流产通常会经历较长时间的子宫收缩过程，以逐渐软化宫颈并使其进行性扩张，到一定程度后才能使胎儿和较大胎盘、羊水等组织经宫颈排出。在此过程中，宫颈和子宫的体积变化显著，宫口扩张往往会带来较为明显的疼痛感觉，不过具体的疼痛程度和所经历时间存在较大个体差异。若女性没有阴道分娩史且胚胎较大，其疼痛程度可能较高，时间也偏长，相对痛苦程度会更明显。
二、痛苦相对不明显：
1.有阴道分娩史：
由于子宫、宫颈口以及阴道较为松弛，女性疼痛的时间和程度通常会较轻，子宫收缩到流产所需的时间也会较短，且心理承受能力更强，所以痛苦可能偏轻。
2.胚胎停育流产：
如果女性是因胚胎停育而需流产，当出现胚胎停止发育的情况时，一般组织较小，子宫收缩程度较轻，胚胎从阴道排出所需时间可能偏短，且部分女性已开始有阴道出血，宫颈已软化，此时流产过程一般痛苦较小。
3.对疼痛耐受程度较高：
部分女性可能身体素质较好，对疼痛的耐受程度较高，且心理承受能力较强，在进行药流过程中可能不会感觉到明显痛苦，但仍需注意药流后休息、保持合理饮食并定期复查。
总之，怀孕三个月药物流产时的疼痛感受因个体情况不同而有差异，需要根据具体情况来综合判断。