通常产后三个月小腹隐隐作痛是由以下这些原因引发的，可依病因对症处理：
一、生理因素：
1.因怀孕与生产导致停经时间较长，产后三个月恢复月经时可能会有腹部疼痛现象。
2.喂奶时宝宝吸吮乳头会刺激到，使脑部催产素分泌后子宫收缩，这也可能加重腹痛。这属于正常生理现象，通常无需特殊治疗，注意休息就行。
二、盆腔炎：
若患者产后三个月未做好身体护理、不注重个人卫生，就可能诱发盆腔炎，此时也会出现小腹隐痛情况，同时伴有分泌物。这种情形可在医生指导下使用克林霉素、硫酸庆大霉素等药物来治疗。
三、子宫内膜异位症：
产后三个月患者若出现子宫内膜异位症，会刺激子宫内膜导致出血，同时伴有显著腹痛。这种情况可在医生指导下使用孕三烯酮、促性腺激素释放激动剂等药物进行治疗。
总之，产后三个月小腹隐痛可能是生理因素，也可能是疾病因素导致，要注意区分，必要时及时就医进行相应治疗。