孕酮低可能由多种原因引起。一般来说，女性体内孕酮水平受多种因素影响，比如黄体功能不全是常见原因之一，约有30%的孕酮低可能与此相关。
内分泌系统因素
垂体功能异常：垂体分泌的促性腺激素不足，会影响卵巢功能，进而导致孕酮合成减少。例如，垂体瘤等疾病可能干扰促性腺激素的正常分泌，使得孕酮水平降低。卵巢本身问题：卵巢中的卵泡发育不良时，会影响孕酮的分泌。像多囊卵巢综合征患者，其卵巢功能存在紊乱，常伴随孕酮水平偏低的情况。而且卵巢早衰的女性，卵巢功能衰退，也会导致孕酮分泌不足。
胚胎因素
胚胎质量不佳：如果胚胎本身发育异常，比如染色体异常等，会影响黄体的功能，从而使孕酮分泌减少。据统计，约有50% - 60%的自然流产与胚胎染色体异常有关，而这类情况往往伴随孕酮低的现象。宫外孕：宫外孕时，胚胎着床在子宫以外的部位，如输卵管等，这种异常的妊娠位置会影响孕酮的分泌，导致孕酮水平低于正常宫内妊娠的水平。
其他因素
生活方式影响：长期熬夜、精神压力过大等不良生活方式可能影响内分泌功能，进而影响孕酮水平。长期处于高压力状态下，身体的应激反应会干扰激素的正常分泌，包括孕酮。疾病影响：一些全身性疾病也可能导致孕酮低，比如甲状腺功能减退症，甲状腺激素分泌异常会影响下丘脑 - 垂体 - 卵巢轴的功能，从而影响孕酮的合成与分泌。另外，糖尿病患者如果血糖控制不佳，也可能出现孕酮水平偏低的情况。