卵巢性索间质肿瘤的严重程度不能一概而论，其预后与肿瘤的组织学类型、临床分期等因素有关。一般来说，部分卵巢性索间质肿瘤相对预后较好，但也有一些类型需要重视。
肿瘤的组织学类型差异
颗粒细胞瘤：这是比较常见的一种性索间质肿瘤，部分低度恶性的颗粒细胞瘤，早期患者经过手术等治疗后，5年生存率较高，可达70% - 90%左右，但如果是晚期的颗粒细胞瘤，预后则相对较差。支持 - 莱迪希细胞肿瘤：大多数为良性，手术切除后预后良好，复发率低。不过也有少数为恶性，恶性支持 - 莱迪希细胞肿瘤相对预后情况取决于分期等，早期恶性的经过规范治疗也有一定的生存机会，但晚期的预后会受到影响。
临床分期的影响
早期卵巢性索间质肿瘤：如果肿瘤处于早期，还没有发生转移，通过手术完整切除肿瘤，术后可能不需要辅助治疗或者仅需要短期辅助治疗，患者的生存几率较高，5年生存率等相对较好。例如早期的颗粒细胞瘤，通过手术切除后，很多患者可以长期生存。晚期卵巢性索间质肿瘤：当肿瘤已经发展到晚期，出现了盆腔外的转移等情况，治疗会比较复杂，预后相对较差。晚期患者的5年生存率会明显降低，治疗需要综合手术、化疗等多种手段，但整体预后不如早期。
对内分泌功能的影响
导致内分泌紊乱：部分卵巢性索间质肿瘤会分泌激素，引起内分泌紊乱。比如颗粒细胞瘤可能会分泌雌激素，导致女性患者出现月经紊乱、阴道不规则出血等症状，长期的内分泌紊乱可能会对患者的身体健康产生不良影响，如增加子宫内膜病变的风险等；支持 - 莱迪希细胞肿瘤可能会分泌雄激素，引起男性化表现，如多毛、声音变粗等，影响患者的生活质量。而且内分泌紊乱相关的问题如果不及时处理，也可能会进一步影响患者的整体健康状况，进而影响肿瘤的预后等情况。