孕酮低可能由多种原因引起。女性在怀孕早期，约有15%左右的人会出现孕酮低的情况，这可能与黄体功能不全有关，黄体分泌孕酮不足就会导致孕酮水平降低。另外，内分泌失调也是常见原因，比如甲状腺功能异常等情况可能影响孕酮的分泌。还有些情况是胚胎本身发育不好，也可能导致母体孕酮低。
黄体功能不全导致孕酮低
黄体发育不良： 女性的黄体是在卵泡排卵后形成的，如果黄体本身发育不良，就会使得孕激素分泌不足，从而出现孕酮低的状况。一般这种情况在月经周期的后半期比较明显。黄体期异常： 正常情况下黄体期应该持续一定时间，如果黄体期出现异常缩短等情况，也会影响孕酮的分泌量，导致孕酮水平降低。
内分泌失调引发孕酮低
甲状腺功能异常： 甲状腺是人体重要的内分泌器官，当甲状腺功能出现亢进或者减退时，都可能影响到孕酮的分泌。例如甲状腺功能减退的患者，身体的代谢等多方面功能受到影响，进而可能导致孕酮水平降低。多囊卵巢综合征： 患有多囊卵巢综合征的女性，体内的激素平衡被打破，会影响到孕酮的正常分泌，使得孕酮处于较低的水平。这类患者往往还伴有月经不调等其他症状。
胚胎因素造成孕酮低
胚胎质量问题： 如果胚胎本身发育存在缺陷，比如染色体异常等情况，会影响到母体的内分泌环境，导致孕酮分泌受到影响而降低。这种情况在怀孕早期比较常见，通过超声等检查可以辅助判断胚胎的发育情况。胚胎着床异常： 当胚胎着床不太顺利时，也可能影响到孕酮的分泌，使得孕酮水平偏低。这时候需要密切观察胚胎的发育以及孕酮的变化情况来综合判断妊娠的预后。