胃食管反流引起咳嗽时，可以使用以下药物进行治疗：
1.抑酸药：如奥美拉唑、兰索拉唑等，可抑制胃酸分泌，减少胃酸对食管的刺激，从而缓解咳嗽症状。
2.促胃肠动力药：如多潘立酮、莫沙必利等，可增强胃肠蠕动，促进胃排空，减少胃酸反流，缓解咳嗽症状。
3.黏膜保护剂：如硫糖铝、枸橼酸铋钾等，可在食管黏膜表面形成一层保护层，减少胃酸对食管黏膜的损伤，缓解咳嗽症状。
4.抗反流手术：对于严重的胃食管反流病患者，药物治疗无效时，可考虑手术治疗，如胃底折叠术等。
需要注意的是，以上药物均需在医生的指导下使用，同时还应注意调整饮食习惯，避免食用辛辣、油腻、刺激性食物，避免饮酒、咖啡、浓茶等，避免餐后立即平卧，睡觉时可将床头抬高15-20厘米。此外，对于长期咳嗽不愈的患者，应及时就医，明确病因，以免延误病情。