阿法骨化醇与骨化三醇存在区别，主要在于阿法骨化醇需在肝脏作用下活化，而骨化三醇已活化无需经肝脏活化。
一、阿法骨化醇：
1.作用机制：口服吸收后在肝脏迅速羟化为骨化三醇，能促进肠道对钙、磷的吸收，提升血清钙水平，推动骨骼钙化。还可通过降低血浆中甲状旁腺激素水平来防止骨钙丢失。
2.临床应用：是早期用于治疗骨质疏松的药物，可减少甲状旁腺细胞增殖，增加小肠对钙的吸收，提高血钙水平，反馈性抑制甲状旁腺素分泌，减少骨钙消溶。
二、骨化三醇：
1.性质特点：是人体内维生素D3最重要的代谢活性产物之一，经肝脏和肾脏羟化酶代谢可成为佝偻病最强的1,25－双羟代谢物。
2.适用病症：主要用于治疗依赖性佝偻病、甲状旁腺素功能低下症和血液透析病人的肾性营养不良等。其对肝肾功能无要求，起效快且活性高，但停药后药效仅能维持一至两天。
三、用药注意：服用阿法骨化醇时需根据医嘱酌情补充钙剂，而服用骨化三醇期间应停用维生素D及其衍生物。
总之，阿法骨化醇和骨化三醇在作用机制、临床应用及用药注意等方面存在不同，应根据具体病情和患者情况合理选用。