胃肠炎常用的药物有多种，比如针对细菌感染引起的胃肠炎，常用诺氟沙星等抗生素，但一般成人常用，18岁以下人群通常不建议使用诺氟沙星。而对于缓解腹泻症状的药物，蒙脱石散较为常用，它能在肠道形成保护膜，吸附病原体和毒素，一般儿童也能使用，但要注意按剂量服用。
针对病因的药物
细菌感染导致的胃肠炎：如果是由细菌引起的胃肠炎，常用的有喹诺酮类药物，像诺氟沙星，它可以抑制细菌DNA旋转酶，从而阻碍细菌DNA复制达到杀菌作用，但18岁以下人群由于可能影响软骨发育，一般不选用。还有头孢类抗生素，如头孢克肟，它通过抑制细菌细胞壁合成发挥杀菌功效，不过使用前需确认患者不对头孢过敏。病毒感染导致的胃肠炎：目前对于病毒感染引起的胃肠炎没有特效的抗病毒药物，主要是对症治疗。但像轮状病毒疫苗可以预防轮状病毒感染导致的胃肠炎，6 - 24个月的婴儿是主要接种对象，一般建议在婴儿6 - 12周龄时开始接种，最多不超过32周龄。
缓解症状的药物
止泻药物：蒙脱石散是常见的止泻药，它口服后能覆盖在肠道黏膜表面，固定病菌，阻止其侵犯，对各种原因引起的腹泻都有作用，儿童也能使用，不过要注意服用时需用适量温水冲服。还有黄连素，它对于肠道细菌感染引起的腹泻有一定效果，成人常用剂量一般是一次2 - 3片，一天3次，但孕妇慎用。止吐药物：多潘立酮可以促进胃肠蠕动，缓解呕吐症状，成人服用时一般是一次10mg，一天3次，不过孕妇及哺乳期妇女慎用。甲氧氯普胺也能止吐，它通过阻滞多巴胺受体发挥作用，成人常用量是一次5 - 10mg，一天3次，但老年人使用时需注意观察不良反应。
调节肠道菌群的药物
益生菌类：双歧杆菌四联活菌片就是常用的调节肠道菌群药物，它含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，能补充肠道有益菌，调整肠道菌群平衡，儿童也可以服用，一般用温水送服，温度不宜超过40℃。还有枯草杆菌二联活菌颗粒，里面含有枯草杆菌和肠球菌，可直接补充正常生理菌丛，抑制致病菌，促进营养物质的消化、吸收，儿童服用时根据年龄不同剂量有规定，比如6个月以下婴儿一次1袋，一天2次；6个月 - 3岁幼儿一次1袋，一天3次等。