卵巢囊性包块的治疗需根据具体情况而定。一般来说，直径小于5厘米且无明显症状的卵巢囊性包块，可定期（通常3~6个月）进行超声复查，观察包块变化。
观察随访情况
生理性包块： 部分卵巢囊性包块可能是生理性的，比如黄体囊肿等，在月经周期的特定阶段出现，一般不需要特殊治疗，通常2~3个月经周期后可能自行消失，定期复查超声监测其变化即可。小的无症状包块： 对于直径小于5厘米，且没有引起腹痛、月经紊乱等症状的卵巢囊性包块，也可以先选择观察随访，每3个月左右做一次超声检查，关注包块的大小、形态等有无变化。
手术治疗情况
包块较大或持续存在： 若卵巢囊性包块直径大于5厘米，或者观察一段时间后包块持续存在甚至有增大趋势，通常需要考虑手术治疗。手术方式有多种，如卵巢囊肿剥除术，适用于希望保留卵巢功能的患者；还有患侧附件切除术，适用于年龄较大、无生育要求或双侧附件均有病变等情况。怀疑恶性： 如果通过检查怀疑卵巢囊性包块有恶性倾向，比如肿瘤标志物升高、包块边界不清、内部回声不均匀等，必须尽快进行手术，术中还可能需要做冰冻病理检查来明确性质，以便进一步决定手术范围等。
药物治疗情况
辅助用药： 一般单纯的卵巢囊性包块药物治疗效果有限，但如果是因炎症等因素导致的炎性卵巢囊性包块，可能会辅助使用抗生素等药物来控制炎症。不过药物治疗通常不是主要的治疗手段，多作为手术前后的辅助或配合治疗。比如对于明确由细菌感染引起的炎性卵巢囊性包块，可能会根据情况选用合适的广谱抗生素来抑制炎症，但单纯依靠药物消除包块比较困难。