肾盂肾炎的药物治疗主要依靠抗生素，一般需要使用10~14天左右。
抗生素的选择原则
根据病情轻重选： 如果是轻型肾盂肾炎，可口服喹诺酮类药物，如氧氟沙星等，这类药物能抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而发挥杀菌作用。如果是较严重的肾盂肾炎，可能需要静脉使用抗生素，比如头孢曲松钠，它能抑制细菌细胞壁的合成，达到杀菌效果。
不同类型肾盂肾炎的用药
急性肾盂肾炎： 对于急性肾盂肾炎，常用药物有阿莫西林/克拉维酸，它对多种细菌有抗菌活性。还可以选用磺胺甲恶唑/甲氧苄啶，通过干扰细菌的叶酸代谢来抑制细菌生长繁殖。一般疗程为10~14天。慢性肾盂肾炎急性发作： 慢性肾盂肾炎急性发作时，用药基本类似急性肾盂肾炎，但要注意长期使用抗生素可能导致细菌耐药，所以需要根据药敏试验结果来调整用药。如果之前的用药效果不佳，可能会换成哌拉西林他唑巴坦等药物，它对产酶耐药菌有较好的抗菌活性。
特殊人群的用药注意
孕妇： 孕妇患肾盂肾炎时用药需谨慎，比如可以选用头孢菌素类药物，像头孢呋辛，相对比较安全，对胎儿影响较小，因为这类药物能阻止细菌细胞壁的合成，且对孕妇和胎儿的安全性经过临床验证。儿童： 儿童肾盂肾炎用药要选择对儿童相对安全的抗生素，比如头孢克肟，它属于第三代头孢菌素，抗菌谱广，对儿童常见的引起肾盂肾炎的细菌有较好的抗菌作用，但用药剂量需要根据儿童的体重等因素进行精确计算，避免过量或不足。