阴茎上长小疙瘩的处理方式包括做好阴茎卫生护理、使用药物治疗、采取物理治疗以及进行手术治疗。具体如下：
一、阴茎卫生护理：当阴茎上出现小疙瘩时，做好阴茎卫生护理有助于病情恢复和治疗。比如用温水清洗阴茎，保持阴茎清洁，并且要勤换洗内衣裤。
二、药物治疗：
1.若为阴茎毛囊炎和包皮炎引起的小疙瘩，根据医生指导使用红霉素软膏、莫匹罗星软膏等往往有较好疗效。
2.如果是真菌感染导致的，如盐酸特比萘芬散、氟康唑等药物对症状有治疗效果。
三、物理治疗：
1.冷冻治疗：对于因HPV感染而长出小疙瘩的情况，冷冻治疗可作为一种选择，能较为明显地改善症状。
2.激光治疗：也是针对HPV感染引起的小疙瘩的治疗手段之一。
四、手术治疗：
1.手术切除：若小疙瘩的情况较为严重，可采用手术切除的方式。
2.手术植皮：在特定情况下可能需要手术植皮来处理。
阴茎上长小疙瘩的注意事项有：
1.务必及时前往医院进行检查，而后依据检查结果进行相应处理和治疗。
2.在日常生活中要切实做好阴茎的卫生清洁工作。
3.治疗期间应保持饮食清淡健康，同时要避免性生活。
总结：当阴茎上长小疙瘩时，可根据具体情况选择合适的处理方式，同时要注意相关事项，以促进恢复和避免不良情况发生。