甲状腺功能亢进症患者在吃药期间意外怀孕，医生应告知患者继续妊娠可能面临的风险，如流产、早产等，同时患者需进行如下处理。
一、调整药物：
1.应马上停止服用甲状腺功能亢进症药物，因为药物可通过胎盘影响胎儿，有致胎儿畸形等严重后果的可能。
2.在必须用药的情况下，妊娠12周后建议首选小剂量抗甲状腺药物进行治疗。孕早期选用丙硫氧嘧啶，孕中晚期选用甲巯咪唑，要将甲功控制在正常范围，通常需使FT4水平达到正常范围1/3。
二、调整饮食：
甲状腺功能亢进症患者应采取低碘饮食而非忌碘饮食，可食用加碘盐，无需额外补碘，但也不必严格忌碘。因为当胎儿的甲状腺逐渐发育成熟时，需要母体的碘元素来合成甲状腺素，若母体严格禁碘，会导致胎儿甲状腺素合成不足。
三、终止妊娠：
如果患者病情较重，即使服用大剂量抗甲状腺药物也无法控制症状，且已出现严重的甲状腺功能亢进症并发症和妊娠并发症如肝损害等，建议及早终止妊娠，同时积极治疗甲状腺功能亢进症。
总之，甲状腺功能亢进症患者在吃药期间意外怀孕要高度重视，需到医院检测心率，仔细观察手抖、突眼等症状，常规进行甲功检查，并根据甲功结果调整治疗方案，以尽量减少对患者和胎儿的不良影响。