HPV感染的清除目前没有特效的抗病毒药物，主要依靠人体自身的免疫系统。大部分免疫力正常的女性感染HPV后，在8-12个月内可自行清除，只有少数会持续感染。
自身免疫清除为主
人体免疫系统是清除HPV的关键。一般来说，80%左右免疫力正常的女性感染低危型HPV后，能通过自身免疫系统在8-12个月内将病毒清除。而对于高危型HPV感染，也有一定比例的人可依靠自身免疫力清除，但时间可能相对长一些。
药物辅助治疗情况
外用药物
干扰素类药物：可通过调节免疫来发挥一定作用。比如重组人干扰素α-2b凝胶，它能增强局部免疫功能，帮助机体对抗HPV感染，但一般需要持续使用一段时间，且效果因人而异。不过要注意，使用这类药物时要遵循医生指导，不能自行随意用药。
中药辅助
一些中药方剂可能在调节机体免疫方面有一定辅助作用，但目前并没有确凿的大规模临床证据表明某种中药能直接杀灭HPV。而且使用中药时也需要在正规中医的辨证论治下进行，不能盲目依赖中药来治疗HPV感染。
定期监测很重要
感染HPV后，需要定期进行宫颈细胞学检查（如TCT）以及HPV检测。一般建议每6-12个月复查一次。如果持续高危型HPV感染，尤其是合并宫颈细胞学异常时，可能需要进一步进行阴道镜检查等，以排查是否有宫颈病变。如果发现有宫颈病变，可能需要根据具体情况采取相应的治疗措施，比如宫颈活检后根据结果进行利普刀手术等治疗，但这已经不是单纯针对HPV感染的直接治疗，而是针对病变的处理了。