男性尿路感染通常由多种因素引起，其中细菌感染是常见原因之一，约95%的尿路感染是由单一细菌引起，最常见的致病菌是大肠埃希菌。
细菌入侵途径
上行感染： 这是最主要的感染途径，细菌由尿道上行入膀胱，甚至可沿输尿管向上蔓延至肾脏。比如不注意个人卫生，尤其是会阴部的清洁，细菌容易从尿道口进入并上行。血行感染： 较少见，细菌从身体其他部位的感染灶经血运传播至泌尿系统。例如患有皮肤感染、疖肿等，细菌可通过血液到达肾脏引发感染，但这种情况相对少见。
自身防御功能降低
局部防御能力下降： 如尿道黏膜有损伤时，细菌容易侵入。性生活时可能会导致尿道黏膜轻微损伤，增加感染风险。另外，长期留置导尿管等医疗器械，会破坏尿路黏膜的屏障作用，使细菌更容易定植。机体免疫力低下： 当男性本身患有糖尿病等基础疾病时，机体抵抗力下降，容易发生尿路感染。据统计，糖尿病患者发生尿路感染的几率比正常人高很多。还有一些长期服用免疫抑制剂的男性，也处于免疫低下状态，易受细菌侵袭引发尿路感染。
泌尿系统结构或功能异常
尿路梗阻： 如前列腺增生、尿道结石等原因导致尿液排出不畅，尿液在尿路中潴留，细菌容易生长繁殖，从而引发尿路感染。有数据显示，尿路梗阻患者发生尿路感染的概率比无梗阻者高10多倍。膀胱输尿管反流： 尿液从膀胱逆流至输尿管甚至肾盂，容易将细菌带入泌尿系统，引发感染。这种情况在儿童中相对多见，但成年男性也可能存在。