肛窦炎主要症状包括肛门局部坠胀感，约有60% - 70%的患者会出现这种情况，患者总感觉肛门内有东西，排便后这种坠胀感可能仍不缓解。
疼痛表现
肛门隐痛：多数患者会有不同程度的肛门隐痛，一般为钝痛，程度轻重不一，有的患者疼痛较轻，仅在排便时或久坐后稍有感觉，有的则疼痛相对明显，影响日常活动。排便时疼痛加重：当患者排便时，粪便通过肛门，会刺激发炎的肛窦，从而使疼痛加剧，有的患者排便时疼痛较为剧烈，甚至不敢正常排便。
排便异常
便意频繁：约有40% - 50%的患者会出现便意频繁的情况，总是感觉肛门有便意，但真正去排便时，粪便量并不多。黏液便：部分患者会出现黏液便，肛门内的炎症刺激肛腺分泌增加，导致有少量黏液排出，黏液多附着在粪便表面，排便后肛门处可感觉有黏液流出。
局部体征
肛门指检异常：医生进行肛门指检时，可发现肛门内括约肌紧张，肛窦处有压痛感，有的患者肛窦可摸到硬结或凹陷。肛门镜检查所见：通过肛门镜检查可见肛窦、肛门瓣充血、水肿，肛窦内可能有脓性分泌物，有时还能看到隐窝加深等表现。