肝血管瘤的病因目前尚未完全明确，一般认为可能与以下因素有关。首先，先天性发育异常是一个重要方面，在胚胎发育过程中，血管发育出现异常，导致血管内皮细胞异常增殖，从而形成肝血管瘤，有研究发现部分肝血管瘤患者存在先天性的血管发育畸形情况。
先天发育异常相关
血管发育畸形： 在胚胎时期，肝脏的血管发育出现紊乱，使得血管内皮细胞过度增殖，逐渐形成肝血管瘤。这种先天性的血管发育异常是导致肝血管瘤发生的重要内在因素之一。遗传因素影响： 有一定的遗传易感性，部分肝血管瘤患者可能存在家族遗传倾向，也就是说如果家族中有肝血管瘤患者，其亲属患肝血管瘤的风险可能相对较高，但具体的遗传方式还不十分明确。
激素刺激因素
女性激素影响： 女性体内的雌激素等激素可能对肝血管瘤的发生有一定影响。临床上发现，女性肝血管瘤患者相对较多，尤其是在青春期、妊娠期等激素水平变化较大的时期，肝血管瘤可能会增大，这提示女性激素可能刺激了肝血管瘤内的血管内皮细胞增殖，从而促进肝血管瘤的形成或生长。避孕药的作用： 长期服用避孕药的女性，患肝血管瘤的风险可能会增加，因为避孕药中的激素成分会影响体内的激素平衡，进而可能对肝脏血管产生刺激作用，导致肝血管瘤的发生或发展。
其他可能因素
肝脏毛细血管感染后变形： 肝脏局部毛细血管在受到感染等损伤后，可能发生变形，使得血管的结构和功能出现异常，进而逐渐形成肝血管瘤。例如，肝脏局部受到细菌或病毒感染后，可能引起血管的一系列病理改变，为肝血管瘤的形成创造条件。肝脏末梢血管阻塞： 肝脏末梢血管发生阻塞时，血液回流受到影响，导致血管发生扩张等改变，也可能促使肝血管瘤的形成。比如某些原因导致肝脏末梢小血管堵塞，血液淤积在局部，引起血管代偿性扩张，最终形成肝血管瘤。