新冠肺炎病毒来源尚不完全明确，已有研究表明，野生动物是新冠病毒的潜在宿主，穿山甲可能是新冠病毒的中间宿主。
2020年2月2日，中国科学院西双版纳热带植物园联合华南农业大学和北京脑科中心，收集了全球共享到GISAIDEpiFlu数据库中覆盖了四大洲12个国家的93个新冠病毒样本，通过全基因组数据解析发现：武汉华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其它地方传入的，在传入市场前就已经发生了人际传播，推测该市场的新冠病毒可能是通过野生动物交易传播而来。
此外，穿山甲中发现了和新冠病毒相似度高达99%的冠状病毒，这表明穿山甲可能是新冠病毒的中间宿主。
总之，新冠肺炎病毒的来源仍在进一步调查中，科学家们仍在努力寻找其确切的来源。