先天性心脏病胎儿目前尚无非常特异性的单一预兆，但通过孕期检查可早期发现一些可疑迹象。一般来说，在孕期的超声检查中可能会发现一些异常情况提示胎儿有先天性心脏病的可能。
超声检查中的可疑表现
心脏结构异常迹象： 在胎儿超声心动图检查时，如果发现心脏的房室间隔存在缺损、心室内有异常的强回声灶、心脏瓣膜形态或结构异常等情况，都需要高度警惕先天性心脏病的可能。比如部分胎儿可能会出现房间隔或室间隔的回声失落现象，这就提示可能存在房间隔缺损或室间隔缺损等先天性心脏病相关的结构异常。心脏大小及血流异常： 胎儿心脏的大小与正常标准相比出现明显异常，或者心脏内的血流速度、血流方向出现异常改变，也可能是先天性心脏病的预兆。例如，胎儿心脏某一部位的血流速度明显增快，或者出现异常的血流分流信号等，都需要进一步评估是否存在先天性心脏病。
母体相关因素的关联
母体感染因素： 如果孕妇在孕期尤其是怀孕早期（怀孕前3个月左右）发生了病毒感染，像风疹病毒感染等，就会增加胎儿患先天性心脏病的风险。有研究表明，孕妇孕期感染风疹病毒后，胎儿患先天性心脏病的概率会显著升高。母体用药不当： 孕妇在孕期不合理使用某些药物，也可能对胎儿心脏发育产生不良影响。比如孕期擅自服用某些具有致畸风险的药物，可能干扰胎儿心脏的正常发育过程，从而增加胎儿患先天性心脏病的可能性。
家族遗传因素的提示
家族先天性心脏病病史： 如果家族中有直系亲属（如父母、兄弟姐妹等）患有先天性心脏病，那么胎儿患先天性心脏病的遗传风险会相应增加。有家族遗传倾向的情况下，胎儿发生先天性心脏病的概率比普通人群要高一些。例如，若父母一方患有先天性心脏病，胎儿患病的风险可能在5% - 10%左右，比没有家族史的胎儿风险要高。