三个月胎停的原因主要包括以下方面：胚胎染色体异常、异常子宫结构、孕妇并发症，此外还可能是宫腔环境不佳、内分泌失调等导致。
一、胚胎染色体异常：这是引发妊娠早期胎停的一个关键因素。如果女性卵子或男性精子携带基因遗传和染色体异常，即便精子与卵子结合并发育成受精卵，胚胎也难以正常发育，进而造成三个月胎停的情况。比如一些遗传疾病可能导致染色体异常，从而影响胚胎发育。
二、异常子宫结构：当母亲存在子宫结构异常时，容易使胚胎发育受到不良影响，最终导致胎停。1.未成熟子宫，其可能无法为胚胎提供适宜的生长环境；2.子宫纵隔，会对胚胎的空间和营养供应产生不利；3.双子宫，也可能不利于胚胎的稳定发育。
三、孕妇并发症：孕妇若患有严重的糖尿病、高血压和甲状腺疾病等。(1)严重的糖尿病，若血糖控制不理想，可能会引发一系列并发症而影响胚胎；(2)严重的高血压，其可能导致胎盘功能异常从而影响胚胎；(3)甲状腺疾病，若甲状腺激素水平异常，也可能对胚胎产生危害，进而导致胎停。
总之，三个月胎停的原因较为复杂，需要及时就医进行详细检查，以明确具体病因并采取规范的治疗措施。