阴茎上面长黑色痣可能由遗传因素、色素沉着、血管瘤痣导致。具体如下：
一、遗传因素：如果患者家族中有阴茎长黑色痣的情况，尤其是父亲存在这种现象，那么可能会将该基因遗传给患者。一般来说这属于正常生理现象，通常无需特殊处理。
二、色素沉着：若患者日常生活习惯不良，致使体内激素水平异常升高，引起黑色素分泌异常，就可能导致局部出现黑色痣。对此，建议患者及时改正不良生活习惯，要是没有其他不适症状，通常也无需特殊处理。
三、血管瘤痣：患者在胚胎时期血管出现异常增生，造成皮肤或软组织中有先天性肿瘤或血管畸形等情况时，可能引发这种症状。患者需要在专业医师指导下通过手术切除的方式来治疗。
总结提示：阴茎长黑色痣的原因多样，可根据具体情况判断是否需要处理及采取何种处理方式。