小便时会阴部疼痛，可能有以下原因：
一、会阴部有外伤，小便时尿液刺激伤口导致。
二、泌尿道疾病：
1.尿道炎：常由淋球菌或非淋球菌感染引起，患者常有尿频、尿急、尿道灼热、烧灼感或尿道发痒等症状，尿道口还可能有白色分泌物，若呈黄色可能是淋球菌感染，若提示支原体、衣原体感染则为白色。出现这些症状需及时进行尿常规、分泌物化验等检查，依据结果用药治疗，如用甲硝唑等广谱抗生素抗感染。
2.膀胱炎：多因细菌感染，如大肠埃希菌等，女性尤为常见，小便时会阴部疼痛明显，同时伴有尿频、尿痛、血尿、小腹部疼痛等症状。
3.前列腺炎：饮酒、嗜辣、憋尿、久坐等可诱发，分急性和慢性，小便时可能有刺痛不适，还可能有尿频、尿急、憋不住尿、排尿不畅、尿后滴沥或尿浊等情况。
三、妇科疾病：
1.宫颈炎、阴道炎，如霉菌性、滴虫性、老年性阴道炎等，可使女性出现尿道及会阴部疼痛，可能伴有尿道口红肿和阴道脓性分泌物等症状。
2.盆腔炎患者小便时膀胱体积收缩，盆腔内压力下降，炎症部位受刺激也可引起会阴部疼痛。
四、结石或肿瘤：膀胱、尿道等部位的结石或肿瘤疾病，结石、肿瘤刺激尿道黏膜或嵌顿在尿道，可导致排尿异常及尿道不适。
如果小便时有不适感觉，建议及时到医院就诊，通过尿常规、尿液培养等检查进一步明确诊断，以便进行针对性治疗。