男性尿路感染主要是细菌等病原体入侵泌尿系统引起的，比如大肠埃希菌就常是引发男性尿路感染的常见病菌之一。
个人卫生方面的原因
不注意局部清洁： 男性如果不经常清洗外生殖器，污垢就容易堆积，为细菌滋生创造条件。比如长时间不清洗，尿道口周围就可能残留尿液、皮脂等，细菌便会趁虚而入引发感染。穿着不透气的内裤： 一些男性喜欢穿紧身、不透气的化纤内裤，会使会阴部局部温度升高、湿度增大，利于细菌繁殖，增加尿路感染的风险。
泌尿系统结构与功能因素
尿路梗阻： 男性若存在前列腺增生等问题，会导致尿液排出不畅，尿液在尿路中潴留，细菌就容易在其中繁殖，从而引发尿路感染。据统计，有前列腺增生的男性发生尿路感染的几率比正常男性高很多。膀胱输尿管反流： 正常情况下尿液从膀胱向尿道方向流动，不会反流，但如果存在膀胱输尿管反流，尿液就可能逆流回输尿管甚至肾脏，把细菌带过去引发感染。
外界因素的影响
性生活因素： 不注意性生活卫生，比如性生活前后不清洗，容易将细菌带入尿道引发感染。另外，频繁的性生活也可能对尿道黏膜造成一定损伤，使细菌更容易侵入。医源性因素： 比如进行导尿、膀胱镜检查等操作时，如果消毒不严格，就可能把外界的细菌引入泌尿系统，导致感染。还有长期留置导尿管的男性，尿路感染的发生率明显增高。