治疗阴茎短小的药物主要有以下几种，需在医生指导下根据个人情况选择最为适宜的药物进行治疗。
一、绒毛膜促性腺激素：对于低促性腺性功能低下的男性而言，使用该药物可以促进睾丸间质细胞的活动，进而能增加睾酮的产生，推动性器官和副性征的发育与成熟。但要注意，如果男性患有前列腺癌或其他雄激素依赖性肿瘤，则不能使用此药，并且对绒毛膜促性腺激素过敏者也是禁用的。
二、促性腺激素释放激素：能够模拟生理状态来促进性腺激素与雄性激素的产生，重新启动青春期的发育过程，诱导阴茎实现再次发育。不过，长期使用这种药物可能会引发骨质流失，存在导致骨质疏松的风险。此外，对促性腺激素释放激素类似物或者药品的任何一种成分过敏者是禁用的。
三、睾酮：通过补充睾酮能够改善因睾丸分泌睾酮缺乏而导致的阴茎短小情况。使用过程中应定期检查前列腺，一旦出现过敏反应要立即停药，而肝、肾功能不全以及前列腺癌患者是禁止使用的。
总之，在治疗阴茎短小的过程中，要严格遵循医生的指导，合理选择和使用药物，同时密切关注可能出现的不良反应。