脑干肿瘤的病因目前尚未完全明确，但有一些相关因素值得关注。目前并没有确切的单一数据能精准说明其发生的概率等，但研究发现可能与以下几方面有关。
遗传因素相关情况
基因变异影响： 有研究表明，某些特定的基因变异可能与脑干肿瘤的发生存在关联。例如，一些涉及细胞生长、分裂和调控的基因发生突变时，可能会增加患脑干肿瘤的风险。不过，这种遗传因素导致脑干肿瘤的具体机制还在进一步探索中，而且并不是携带相关变异基因就一定会患脑干肿瘤，只是相对来说有一定的遗传易感性。
病毒感染方面
特定病毒关联： 有研究发现，某些病毒感染可能与脑干肿瘤的发生有一定关系。比如，EB病毒（Epstein-Barr virus），虽然目前还不能确凿地说EB病毒感染就一定会引发脑干肿瘤，但在一些脑干肿瘤患者的病变组织中检测到了EB病毒的相关成分，提示病毒感染可能是诱发脑干肿瘤的一个潜在因素。不过这还需要更多大规模的研究来证实其确切的因果关系。
环境因素影响
辐射暴露情况： 长期暴露于电离辐射下可能会增加患脑干肿瘤的风险。例如，在医疗上因某些疾病接受过头部高剂量辐射治疗的人群，相比普通人群，患脑干肿瘤的几率可能会有所升高。另外，长期处于有辐射污染的环境中，也可能对神经系统产生不良影响，进而增加脑干肿瘤的发病风险。不过，一般日常生活中的低剂量辐射通常不会直接导致脑干肿瘤的发生，但高剂量的辐射暴露需要引起重视。
胚胎发育异常因素
胚胎期细胞分化问题： 在胚胎发育过程中，如果出现细胞分化异常的情况，可能会导致脑干部位的细胞出现异常增殖，从而增加脑干肿瘤发生的可能性。胚胎发育是一个非常复杂的过程，任何影响细胞正常分化的因素都可能在后续引发肿瘤等病变。目前对于胚胎发育异常具体如何导致脑干肿瘤的细节还在深入研究中，但这也是被认为可能引起脑干肿瘤的一个重要方面。